Akatsuki

Apareció por primera vez en la Tercera Gran Guerra Ninja, que consistía en un grupo de ninja de la Aldea Oculta de la Lluvia liderados por Yahiko en la búsqueda de la paz de su propio pueblo debido a que su aldea era un campo de batalla a causa de estar entre tres de las principales naciones ninjas. Yahiko el fundador dijo que él y el resto de las acciones de su organización estaban destinadas únicamente para ayudar a Nagato y lograr la paz mundial, aunque Konan alegó que era su carisma lo que mantiene unido al grupo. Según Tobi, él fue quien insistió a Yahiko de formar Akatsuki.

Durante los primeros días de Akatsuki ganaron una gran fama y reconocimiento en Amegakure haciendo que Hanzo, el líder de la Aldea Oculta de la Lluvia creyera que intentarían derrocar su gobierno, es por eso que los engañaron sobre unirse para formar un trato de paz entre Sunagakure, Konohagakure e Iwagakure.

Sin embargo el día de la reunión, Hanzo, con la ayuda de varios ANBU de Raíz y Danzo Shimura secuestraron a Konan y la utilizaron como rehén amenazado sobre matarla si Yahiko no moría, siendo un existo ya que el mismo líder se suicida con el kunai de Nagato. A causa de la muerte del líder, la furia de Nagato se despertó invocando a la Estatua Gedo intentando vengar la muerte de su amigo. Desde ese momento Nagato fue considerado como el nuevo líder de Akatsuki provocando una Guerra Civil en donde Hanzo sería asesinado obteniendo el control de Amegakure. Debido a la situación que presenciaba actualmente el mundo ninja, Akatsuki se convirtió en un grupo de mercenarios de alquiler y Nagato empezó a ser manipulado por el supuesto Madara, actuando como el nuevo líder detrás de las sombras.

En tiempos de paz la mayor parte de las aldeas ninjas en lugar de aumentar su propio armamento, emplearon a Akatsuki para luchar en las guerras, espiar o llevar a cabo asesinatos. Según el Raikage todas las principales aldeas ninjas a excepción de Kumogakure utilizaron a dicha organización, además alego que la Akatsuki fue fundada en Kirigakure, tal vez porque el supuesto Madara tenía en ese momento al Cuarto Mizukage controlado con su Sharingan. Pero después de un tiempo Akatsuki empezó a capturar a las Bestias con Cola. Al empezar con la captura de los bijus, empezaron a sellarlos con el jutsu "Técnica de sellado: Sello Completo de Nueve Dragones Ilusorios" para así poder contenerlos dentro de una estatua gigante invocada por el supuesto líder Pain conocida como la "Estatua Demoníaca del Camino Exterior", todos los miembros del grupo se comunican y activan la técnica a través del Gentōshin no Jutsu. A pesar de que al principio no tuvieron mucha movilidad sino en la Parte II varios eventos sucedieron. Sasori y Orochimaru se convirtieron en socios formando un buen equipo. Kakuzu es uno de los miembros más antiguos ya que ha tenido un increíble cantidad de compañeros pero fueron asesinados por este en sus ataque de rabia, es por eso que se le fue escogido a Hidan como su nuevo socio ya que no podía matarlo. Itachi después de haber aniquilado a todo su clan e irse de Konoha se unió a esta organización para poder saber de sus planes. Cuando se volvió parte de esta sociedad, Orochimaru intenta quitarle su cuerpo pero falló haciendo que éste saliera de Akatsuki. Más tarde Deidara es contratado como nuevo integrante para sustituir a Orochimaru pero como el antiguo miembro se llevó el anillo resulta que Deidara no podrá sustituir a este como socio. En ese momento ya Akatsuki había capturado a dos bestias con colas: Caballo Delfín de Cinco Colas y Escarabajo de Siete Colas.

La primera vez que se supo de Akatsuki fue cuando un grupo de la organización formado por Itachi y Kisame intentaron capturar a Naruto, debido a esto Jiraiya en su viaje le informó a las aldeas sobre lo que sabía. A pesar de eso en la Parte II, el Shukaku de Una Cola fue atrapado por Deidara tras infiltrarse en Sunagakure, de esta misma forma los bijuus iban siendo atrapados poco a poco. Pero en sus intentos de obtener el poder de dichos animales ocasionó que varios miembros de la organización murieran hasta el punto que quedaran muy pocos. Después de la muerte de Itachi Uchiha, Sasuke y su equipo Taka se vuelven parte de Akatsuki a cambio de obtener un bijuu. Aunque la mayoría de los miembros murieron gracias a los sacrificios de sus antiguos socios, pudieron obtener a siete bijuus, faltando simplemente el Buey de Ocho Colas y el Zorro de Nueve Colas. Durante la Reunión de los Kages Tobi se auto-proclamó como Madara Uchiha (siendo mentira) y la mente maestra detrás de su principal objetivo el cual es re-unificar a los 9 bijuus para traer devuelta a la Bestia de Diez Colas y que así el supuesto Madara se convierta en su nuevo contenedor, siendo Jinchuriki de la bestia; el podrá lanzar su Tsukuyumi Eterno y así dominar a toda la humanidad. Pero como los Kages se rehusaron a darles los jinchurikis restantes, la organización, declara la Cuarta Guerra Mundial Shinobi. Más tarde en su guarida Kabuto forma una asociación con Tobi en donde este reviviría a los antiguos miembros fallecidos a cambio de Sasuke Uchiha.

Más tarde Tobi logró apoderarse del cadáver de Nagato para conseguir el Rinengan después de haber matado a la ex-Akatsuki Konan. En la guarida del líder, Akatsuki tiene actualmente un cuarto lleno de un ejército de cien mil zetsu que planea utilizar como fuerza militar para la próxima guerra, los cuales fueron creados con el chakra de las Bestias con Cola, pero debido a esto le retrasara su plan de revivir al Diez Colas. Después de que Kabuto no logró capturar a los jinchurikis restantes, atrapó a Yamato y lo utilizó para hacer que el ejército de Zetsu se volviera más fuerte. Gracias a Kabuto, Akatsuki llega a tener una mejor fuerza militar ya que revivió a los antiguos miembros de Akatsuki, los jinchurikis y Kages anteriores, además de los ninjas más famosos y reconocidos en sus aldeas.